1988年11月，论证工作全部结束。14个专家组提出了各自的论证报告。
1989年9月，在重新论证的基础上，编写三峡工程的可行性研究报告。
重新提出的三峡工程可行性报告的结论是：
三峡工程对四化建设是必要的，技术上是可行的，经济上是合理的，建比不建好，早建比晚建有利。
可行性报告对于三峡工程的建设方案，推荐采用“一级开发，二级建成，分期蓄水，连续移民”的方案。
报告中指出：
大坝坝顶为185米，一次建成，初期运行水位为156米，最终正常蓄水位为175米，水库总库容为393亿立方米，防洪库容221.5亿立方米，水电站装机总容量1768万千瓦，年发电量840亿千瓦时，移民不间断迁移，20年移完。
大坝坝址位于湖北宜昌县三斗坪镇，施工总工期18年，第12年第一批机组发电。
工程静态总投资571亿元。
关于兴建三峡工程的必要性，推荐方案认为：
三峡工程效益巨大：
一、可以控制长江上游洪水，减免长江中下游广大地区洪水灾害，保障经济建设和社会发展。
二、为华中、华东及川东地区提供大量的电力，可有效地缓和这些地区能源供应长期紧张的矛盾。
三、使宜昌至重庆航运条件显著改善，为万吨级船队直达重庆创造条件。
关于工程的技术可行性，推荐方案认为：
三峡工程基本资料充分可靠，前期工作相当充分，工程建设中需要解决的技术难题已经有明确结论，技术上没有不可逾越的障碍，在技术上是可行的。
关于移民的生态环境，这是兴建三峡工程中最关键和最困难的问题。论证结论认为：
移民安置任务艰巨，但有解决途径，工程越早建对移民工作越有利。
三峡工程对生态与环境的影响是广泛而深远的，既有有利的影响，也有不利影响，要采取有效措施充分重视，认真对待。
关于经济上的合理性以及兴建时机，论证结论认为：
投资计算的基础是可靠的，三峡工程的经济性是优越的，通过多渠道集资，我国现阶段国力是可以承担的。
1992年，水电部部长、多年主管三峡工程筹备与论证工作的钱正英说：
要说三峡工程的论证已有几十年历史，光“长办”提供的各种水位方案的论证报告就不下十几份，但总是难以取得完全一致的意见。这就迫使我们考虑这样一个问题：怎样才能使论证工作更科学、更有说服力？宋健同志曾经介绍过当年研制“两弹”的经验。开始时，争论也很厉害，后来聂帅定下一条：“专家不越位，搞什么的就研究什么。”按照这一原则，成立专家委员会，定下专题，由各方面专家根据专题进行专门研究。三峡工程与“两弹”一样，是一个大的系统工程，看来也应这样办。根据这个经验，我们曾经设想成立一个专家委员会，请地位超脱、能孚众望的大科学家如钱学森这样的人出任专家委员会主任。但后来由于各种原因，这一设想落空了。牵头组织论证的任务最后还是落在了水电部的头上。不过，“专家不越位”，分专题进行研究的思路得到了大多数人的赞同。
钱正英说：
这次重新论证建立了分三个层次进行论证和决策的程序。先由水电部牵头广泛组织各方面专家重新论证，重新编写可行性研究报告，然后由国务院组织更高层次的审查委员会进行审查，并报国务院和中央政治局讨论通过；最后一个层次：提交全国人大审议。为沟通这三个层次，专设一个协调小组，随时向人大和政协的常委会通报情况。
可见，三峡工程的可行性研究报告是成熟的，广大科技工作者就等待中央的审查批准了。
