在2003年1月2日，广东省卫生厅接到河源报告，出现“有传染性”的过去从未见过的肺病。
在当天，省卫生厅就派了一个以广州医学院呼吸疾病研究所副所长肖正伦为组长的专家小组前去调查。
在第二天早晨，调查小组就写出了一个报告，认为是一个局部爆发的不明原因的肺炎，而且肯定这个病有一定的传染性，并提出了最初步的诊断、处理、消毒、预防、隔离方法。
半个月后，中山市开始报告该市3家医院收治了一批以发热、肺部感染症状为主、病因不明的患者，且有多名医务人员感染。广东省卫生厅再次组织专家小组前往调查。
1月21日，专家组在写出了《关于中山市不明原因肺炎调查报告》，命名该病为“非典型肺炎”即“病因未明，病毒性感染可能性大”。
1月23日，广东省卫生厅以“粤卫办2号文”将这份报告，印发至各地级以上市卫生局和省直、部属驻穗及厅直属医疗卫生单位。
当时，中国已经临近一年一度最重大的传统节日春节了。当时，人们并没有意识到这种病的严重性，直到1月底，报告才到达广州各大医院。
春节假期之后在广州出现了各种各样的“不明病毒袭击广州”的传言，市民大规模抢购药品、板蓝根及醋的现象。
2月上旬，在广州不少大医院，已经住了许多“非典”病人，全省总共有上百名医护人员受到感染。
广州医院抗“非典”最艰苦的阶段至少持续了一个月。其间，广州的呼吸疾病专家在研究治疗方案上花了很多功夫，相互之间也进行了很多经验交流，总结出广州的非典型肺炎推荐治疗方案和临床诊断标准。
2月13日，广东省卫生厅组织专家总结前阶段非典型肺炎救治工作经验，研究完善非典型肺炎病例临床诊断标准、推荐治疗方案、预防措施指引和消毒隔离措施。
在临床治疗方面，广州的确取得很大成绩。广州的经验后来也在全国及海外推广，特别是在香港。广东的“非典”病死率不到4%。而世界卫生组织对世界SARS患者病死率的估计曾是14%至15%。
广州市呼吸疾病研究所所长钟南山，将之归功于在实践中总结出来的一套行之有效的治疗方法。
