1998年5月8日，铁道部内昆铁路指挥部在昆明举行了简朴的挂牌仪式。
云南省副省长牛绍尧亲自为指挥部揭牌，并宣布内昆铁路大会战即将打响。
指挥部有人写了一副对联，表达他们坚决要把内昆铁路修建成功的志愿：
决战西南再展筑路者风采；
建设内昆造福云贵川人民。
早在1998年3月下旬，铁道部召开“加快铁路建设动员大会”，作出“决战西南”的部署，将修建内昆铁路作为决战西南的重要组成部分。
3月30日，铁道部决定成立内昆铁路指挥部。
紧接着，铁道部下达了领导成员任职令，并确定了“4月组建班子，5月完成招投标，6月重点开工”的近期工作目标。
4月7日至13日，指挥部全体领导成员率有关技术人员与铁二院总体设计负责人一道，进行了全线施工调查，决定了“一站”、“一场”、“四桥”、“五隧”为第一批开工工点。
4、5两个月，先后向云南、四川、贵州省人民政府领导汇报了铁道部加快内昆铁路建设的部署。调查时，还同六盘水市、毕节地区、昭通地区、宜宾市进行了商谈，得到地、市、县领导的支持。与铁二院多次会商，确保6月开工设计文件的及时供应。
4月、5月，铁道部指挥部先后与中国铁路工程总公司、中国铁道建筑总公司和成都铁路局3个施工总承包单位签订了总承包协议，并组织了招投标工作。
5月6日，监理人员进点。决定建设指导思想是：
总体设计、固本简末、逐步完善、加快建设，在总工期内修建一条高质量的山区铁路。
铁道部内昆指挥部提出全线施工组织的总体部署是：
南北齐进，全线展开；突击越岭，猛攻重难；站前站后，统筹安排；奋战4年，全线建成。
同时，铁道部内昆指挥部还提出了质量目标：
依靠科技进步，强化项目管理，增强质量意识，狠抓质量通病，建设精品工程，争创全线优质。
铁道部内昆指挥部提出内昆铁路工程特点为：
桥隧密，桥墩高，限坡大，地势险，地质差，气候恶。
铁道部内昆指挥部还及时制定了1998年的工作目标：
6月重点开工，年内全线展开，首批工程创优，完成投资10亿。
铁道部内昆指挥部为了加强内昆铁路建设的组织领导，还成立了内昆铁路领导小组，组长为铁道部，副组长为四川省、云南省、贵州省，由铁道部计划司、建设司、工程设计鉴定中心，四川、云南、贵州有关厅、局、铁道部内昆指挥部、成都铁路局共14个单位组成。
6月12日8时30分，中国铁路工程总公司内昆铁路工程指挥部挂牌仪式在宜宾金沙江宾馆举行。
中铁总公司总经理秦家铭和宜宾市委书记高万权为内昆铁路工程指挥部揭牌。
