在十五届三中全会上，大家一致通过了《中共中央关于农业和农村工作若干重大问题的决定》。
1998年11月20日，国务院成立以财政部长项怀诚牵头的农村税费改革小组。
2000年3月2日，党中央、国务院为了从根本上减轻农民负担，正式下发了《关于进行农村税费改革试点工作的通知》，并决定率先在安徽全省进行试点。
1998年10月，在北京召开的十五届三中全会上，农村税费制度改革被列为改革重点内容。
在十五届三中全会上，与会代表一致通过了《中共中央关于农业和农村工作若干重大问题的决定》，这次会议提出：
农业、农村和农民问题是关系改革开放和现代化建设全局的重大问题。没有农村的稳定就没有全国的稳定，没有农民的小康就没有全国人民的小康，没有农业的现代化就没有整个国民经济的现代化。
原来，在1978年实行联产承包责任制之后的10年，是我国农村和农业的“黄金发展期”。但是，从20世纪80年代末开始，农产品供给出现了结构性和地区性过剩，农产品销售不畅，价格下跌，农民增收困难。
此外，各级政府自上而下层层下达各种经济社会发展任务，除了农业税之外，还有“三项提留、五项统筹”、各式名目的“集资收费”。农民负担的不断加重，激起农民的强烈不满。这些情况引起中央和部分地方政府对减轻农民负担工作的重视。
在1990年2月，国务院发出《关于切实减轻农民负担的通知》，指出：
不少地方农民人均负担的增长，超过了人均纯收入的增长，超过了农民的承受能力，严重挫伤农民发展生产的积极性，损害党群、干群关系。如此发展下去，必将影响农村经济的发展和社会安全。
《通知》规范了农民负担的提取比例和提取办法，但其中的规章制度灵活性较大，文件中鼓励各地政府“要在调查研究的基础上，根据本通知的规定，制定减轻农民负担的具体办法”。
在这个鼓励减轻农民负担政策出台的同期，部分地方政府和部分学者也已开始着手研究如何解决征粮征税难和减轻农民负担问题。
尤其在1993年和1994年国务院连续召开两个与减轻农民负担有关的工作会议后，一些地区自发进行了费税改革创新试点，如河北正定县的“公粮制”、安徽太和县“税费合一”、湖南武冈市“费改税”等。
这些各地自发进行的税费改革，明确了税费项目，简化了征管办法，因而提高了农民负担的透明度，比较有效地遏制了“三乱”，在一定程度上控减了农民负担，改善了农村干群关系。
但是，由于县乡村三级财政、行政大环境尤其是相关法律文本没有变动，这些地区性的创新只能局限于推行新的农业税费征管办法，而不能从根本上减轻农民不合理的负担。
当时，中央认为这一时期影响农村稳定和发展的关键因素是农民负担问题，所以决定以农村税费改革为突破口。
在十五届三中全会后，国务院就成立了由财政部、农业部和中央农村工作领导小组办公室3个部门主要负责人组成的国务院农村税费改革工作小组，开始着手研究和制定新的改革方案，为减轻农民负担工作由治乱减负适时转向税费改革做准备。
