1998年11月20日，国务院成立以财政部长项怀诚牵头的农村税费改革小组。
1999年4月，农村税费改革小组将一份名为《关于农村税费改革有关重大政策问题的调研报告》上报国务院。
2000年1月，国务院第五十七次总理办公会议原则通过了小组提出的关于农村税费改革试点工作若干问题的意见。
《关于农村税费改革有关重大政策问题的调研报告》和据此形成的政策性文件，基本上奠定了税费改革方案的雏形。
根据农村税费改革新方案，改革内容被概括为“三个取消，一个逐步取消，两个调整和一项改革”：
即取消屠宰税，取消乡、镇统筹款，取消教育集资等专门面向农民征收的行政事业性收费和政府性基金；
用3年的时间，逐步减少直至全部取消统一规定的劳动积累工和义务工；
调整农业税政策、调整农业特产税征收办法，规定新农业税税率上限为7%；
改革村提留征收和使用办法，以农业税额的20%为上限，征收农业税附加，替代原来的村提留。
国务院税费改革工作小组组长项怀诚说：“这是对向农民乱收费根源的釜底抽薪。将‘乡统筹’等面向农民的各种政府收费和乱收费一律减掉，目的在于堵死乱收费的口子；按照新的税率提高农业税，在一定程度上可以弥补取消乡统筹费带来的缺口并规范征收；同时，改革村提留的征收使用办法，将村提留以农业税附加形式收取，意在带动村级组织的改革。”
改革的方向，在于借此建立一个以农业税、农业特产税及其附加，以及村级“一事一议”筹资、筹劳为主要内容的农村税费制度框架。至于新税制是收钱还是收粮，新方案没有统一规定，允许各地根据具体情况自行确定。
农村统筹资金是乡、镇政府以“三提五统”等各种收费形式直接向农民收取的，实质上属于“一事一费一制”筹资办法。
“一事一费”的筹资办法本身也没什么特别的不好，但需要专款专用、收入与支出相适应，但农村在具体工作中实际上做不到这一点，因为收费是由各部门自收自用，缺乏严格的法律约束和有效监督机制，在各部门自身利益的驱动下，在实际执行中，就很容易扩大收费项目，或产生搭车收费的现象，乱收费、高收费，也就成了不可治愈的“顽症”，从而造成农民负担远远超出国家所规定的“定项限额。”
这些名目繁多的收入，除极少数纳入国家统一预算外，绝大部分游离于国家预算之外，由各部门各单位自行分配使用。
这种“诸侯财政”和“瘦干肥枝”的作为，是不符合市场经济要求的，属于不规范的分配行为，对我国的社会经济发展带来极大危害。一方面扰乱了整个国家的分配秩序，加重了农户的负担；另一方面，各种收费因逃避开财政监督和管理，便为各级政府官员的腐败行为提供了客观条件，这对国家政权的稳定也极为不利。
因此，农村税费改革是农村经济利益大调整的重大决策，目的在于通过对现行农业和农村领域的税费制度的改革和完善，规范农村分配制度，理顺国家、集体和农民之间的分配关系，真正实现“耕者有其利”。
农村税费改革，因为涉及面广，影响深远，也被称为1949年以来，继土地革命、改革开放初期推行家庭承包经营制之后的“中国农村的第三次革命”。
