2000年3月2日，党中央、国务院为了从根本上减轻农民负担，正式下发了《关于进行农村税费改革试点工作的通知》，并决定率先在安徽全省进行试点。
通知规定：
农业税的计税依据的常年产量以1998年前5年农作物的平均产量确定，并保持长期稳定；调整农业税税率，将原农业税附加并入新的农业税。新的农业税实行差别税率，最高不超过7%；农民上缴的用于村干部报酬、五保户供养、办公经费等方面的村提留，采用新的农业税附加方式统一收取，农业税附加比例最高不超过农业税正税的20%，具体附加比例由省级和省级以下政府逐级核定。
通知首次提出“三个确保”：
确保农民负担得到明显减轻、不反弹，确保乡、镇机构和村级组织正常运转，确保农村义务教育经费的正常需要，是衡量农村税费改革是否成功的重要标志。
2000年4月，党中央、国务院发出通知，决定在安徽全省和由其他省、自治区、直辖市选择少数县、市进行农村税费改革试点，探索建立规范的农村税费制度和从根本上减轻农民负担的办法。
2000年4月23日，国务院批准了安徽的方案。改革随即在安徽全省85个县、市、区推开。一时间，安徽全省“沿街有横幅，墙上有标语，乡村有专栏，广播有声音，电视有图像，路有宣传车，疑难有解答”，全省上下一片改革之声。
2001年，根据农村税费改革的进展情况，国务院发出了《关于进一步做好农村税费改革试点工作的通知》。通知规定：
在试点过程中，地方可以按照中发[2000]7号文件有关农业税及其附加、农业特产税的规定征收，村级三项费用经费缺口由乡、镇财政适当补助；也可以按中发[2000]7号文件精神在农业税及附加总体负担水平不超过8.4%的前提下，通过适当降低农业税税率，相应提高农业税附加比例的办法，增加村级收入。
2001年5月上旬，安徽省里开始审批县、市、区的实施方案；6月中旬，各地将农业税任务分解到乡、镇、村、户，开始按照新税制的要求征收。
具体实施中，安徽全省首先对1993年以来主要农作物产量、二轮承包土地面积、农业人口、农业税和乡统筹、村提留等86个指标进行了全面统计调查，逐步测算到乡、镇和村。
乡、镇征收机关根据县、区政府核定的农业税、农业特产税依率计征税额，编制到村、组、户的征收清册，报县、区征收机关审批后，各村将征收方案张榜公布并逐户向纳税人发出纳税通知书。
据统计，农村税费改革政策收效十分明显，绝大多数农民的负担水平都有下降。
一年中，全省农民总的税费负担37.61亿元，比改革前同口径税费负担49.25亿元减少11.64亿元，减负达23.6%。加上取消屠宰税和农村教育集资，全省农民总税费负担减少16.9亿元，减幅达31%。
同时，全省对各类涉农收费、集资等进行了清理，一次性取消各种收费、集资政府性基金和达标项目50多种。平均下来，每个农民一年少交几十块钱。
收入减了，但同时基层财政也出现了困难。据安徽省测算，改革后，全省减收13.11亿元，平均每个县减收多达1542万元。其中，乡、镇减收10.41亿元，村级减收2.7亿元。其他试点地区也分别遇到了类似的问题。
在中国链条上，县以下的行政，本来就是薄弱环节，拖欠工资、债务沉重、财力虚空屡见不鲜。一旦新的收入缺口增大，问题接踵而来。改革前，乡、镇为建设农田水利设施等公益事业，早已寅吃卯粮，但尚能通过筹款等形式筹集偿债资金。改革后，集资的口子被政策堵死，债务更难消化。因为缺钱，有的基层干部已经是“说话无人听，走路有人跟，早晚有人等，亲友变仇人”，工作无法进行。税改试点加剧了安徽乡、镇财政的困难。
农村税费改革改革继续进行，乡、镇干部利益受到直接冲击。2001年2月26日，在安徽省委、省政府召开的全省农村税费改革工作会议上，部分地区的代表直截了当地说，基层财政困难将阻碍农村税费改革的推进。
基层的声音反映到了上层。中央财政最终向安徽提供了11亿元的专项转移支付，2001年这个数字又增加到17亿元，比安徽最初上报的7亿元整整多出10亿。可以说，中央为推动安徽的试点支付了巨大的成本。
但是，“给钱”既非改革的初衷，亦非改革的目标。中央领导多次强调，方案的制订和执行必须从严，否则虽能解一时之困，却无法达到改革的目的。
农村税费改革必须进行配套改革。税费改革构想中，为配套改革提出的任务是乡、镇政府“减人、减事、减支”，而当时全国4.5万个乡、镇，财政供养人员1280万人。此外还有380万名村干部。平均每40个农民就供养一名干部。
农村税费改革，必然牵涉更深刻、更广泛的改革，特别是基层政府体制和机构改革。这属于税费改革设计方案所说的“配套改革”，但显然比税费改革更复杂、更深刻，也更艰难。
2001年初，国务院本计划在全国迅速推开此项改革，但在数月后的4月25日，国务院办公厅印发的《关于2001年农村税费改革试点工作有关问题的通知》决定，暂缓扩大农村税费制度的改革试点。税改之难可见一斑。
