相传尧做国君的时候，发生了一次特大洪水灾害。尧便派黄帝的孙子鲧（gun）去治理洪水；鲧治水心切，从天宫中窃取了天帝的宝物，一种可生长不息的土壤，名叫息壤，用来堵塞洪水。结果治水失败，天帝派火神祝融将鲧杀死在羽山。
鲧虽被杀害，但因水害未除，壮志未酬，因而精魂不死，尸体经过三年之久没有腐烂。不仅如此，他肚子里此时还孕育了一个新的生命。这件事被天帝知道了，怕鲧的尸体变成精怪与他做对，连忙派一个天神，拿了一把叫做“吴刀”的宝刀到羽山，把鲧的尸体剖开，以绝后患。
天神来到羽山，用“吴刀”剖开鲧的尸体。猛然间，从鲧的肚子里跳出一条虬（qiu）龙，头上长着一对坚硬无比的角，腾云驾雾，飞上了天空。这就是新生的禹（yu）。
禹出生后，得知父亲是为治水而死的，悲忿之余，立志要完成父亲鲧的宿愿，为民除害。因此，他又来到天帝面前，请求天帝将“息壤”赐给他，以根绝水患。天帝一见鲧、禹父子治水的决心无法阻止，便干脆顺水推舟，不但把息壤给了禹，还直接派他到人间治理洪水，并让在杀蚩尤的战争中立过功的应龙做禹的助手。
万没想到禹的行为，却惹怒了另一位大神——水神共工。共工本来奉天帝之命来人间降水，可是本领还没有施展开，禹就来治理洪水了，他怎么能咽下这口气？于是决心变本加厉与禹做对，一时间，中原一带全成了水国。
看到共工如此不顾百姓死活，禹非常气愤。他决心靠武力来解决问题。不过，只靠自己的力量，毕竟势单力薄。于是，禹便在会稽山会合天下诸神，与共工展开一场生死搏斗。共工当然不是禹的对手，何况禹又有诸神的帮助，不久，共工就被禹赶走了。扫除了这个障碍，禹开始筹划治水的工程。他吸取了父亲的教训，叫来一只黑色的神龟，将息壤放在龟背上，他带着龟四处治水。哪里洪水泛滥，他就把息壤扔在哪里，那里的地势就立即变高，这就是今日的名山。他又命令应龙走在他的前面，用尾巴在地上画出一条治水的路线，禹根据应龙画出的线开凿河道，使洪水向大海流去，这就成了今天的大江大河。
一天，禹来到黄河边察看水势，忽然见到一个身材细长，身体像鱼的人，从河水中跳了出来。这个人就是河伯。河伯送给禹一块青色石头，便又跳进河里不见了。禹感到很奇怪，便把那块石头反复看了看，发现石头上布满了弯弯曲曲的花纹，聪明的禹立刻明白了，这是一幅治水的地图。有了这幅治水的地图，禹治水的速度快多了。
在禹治水开凿龙门山时，偶然间发现了一个大岩洞。强烈的好奇心驱使禹走进洞内，只见里面一团漆黑，禹打着火把在洞中摸索前进，发现前面有一个东西闪烁着金光，金光越闪越亮，最后洞中竟如白昼。禹再仔细一看，原来是一条黑色的长蛇，嘴里衔着一颗夜明珠，给禹带路。走着走着，他们走进了一座金光灿烂的殿堂，中央坐着一个人脸蛇身的神，原来是伏羲。两人一见如故。吃尽了洪水苦头的伏羲对禹的治水决心十分佩服，他从怀里掏出一块形状像竹片，长一尺二寸的玉器交给禹，让禹带出去度量大地，平定水土。禹明白这是玉简，给治水提供了很大的保障。
禹治理洪水，曾经三次来到桐柏山。那里的气候十分恶劣，除了刮风、下雨、雷鸣电闪，就是草木哀号，闹得人心惶惶，根本无法治水。禹深知，这里有妖魔作祟，他非常愤怒，又把天下的群神召集到这里，命令他们把妖怪除掉。可是，这些神仙成年累月地跟着禹治水，十分劳累，再也不愿意出力了。没办法，禹毫不客气地把他们拘禁起来，群神这才齐心协力铲除妖怪。不久，果然擒获了一个叫无支祈的水怪。无支祈力气非常大，甚至超过了九头大象，虽然被抓了，却仍然在拼命挣扎。禹怕无支祈跑掉，就叫天神童律去制服他。童律对无支祈也没办法，禹又派乌木去，可还是不行。于是禹又派庚辰去，庚辰先是操起一把大戟，朝无支祈砍去，无支祈被砍在地上，庚辰又用一条粗大的铁索锁住怪物的脖子，又给他的鼻孔穿了金铃，将他压在龟山脚下。禹的治水工程又扫除了障碍，奔腾的淮水乖乖地流入海洋。
治理完淮河，禹又来到巫江三峡。在前面导引水路的一条龙，粗心大意，错引了水路。不明真相的民工就按照这条错误的水路施工，费尽努力，开凿了一条引水的峡谷，结果白费了力气。奖罚分明的禹一怒之下，把这条蠢龙斩杀在一座山崖上，这就是巫山县现有的“斩龙台”、“错开峡”。
治理洪水是一件惊天动地的大事，人间的百姓和各方的天神都来帮助禹完成这一大业。其中天上的神鸟燕子的后代伯益功劳最大。他常带着人们，打着火把，到山林水泽中把因洪水而长得特别茂盛的草木烧掉，使害人的野兽无处藏身，只得远远逃走，人民因此安居乐业。
禹为了治水，兢兢业业、含辛茹苦地奋斗了十三年，三过家门都没有去探望，终于治理好了有名的大江大河三百条，支流小河三千条，无名河流无数条。狂暴的洪水平息了，大地重新披上了绿装，人们得救了，他们从高山、从岩洞中走出来，重又过上了安定幸福的生活。
禹因治水有功，得到了人民的拥戴。国君舜便传位给禹，禹成了天下君主。在禹去世后，人们把他隆重地葬在会稽山，以纪念这位治水的英雄。
