洪仁辉所呈诉的七条，事实清楚，无须太多调查就可真相大白。广州海关贪墨勒索，证据确凿，粤海关监督李永标罪责难逃。但洪仁辉等洋人希望严查粤海关积弊，扩大中英贸易的诉求，则事关重大，非会审官员可以擅自做主。
两广总督李侍尧、福建将军新柱等会审官员，将案情详细奏报。乾隆皇帝经过一番权衡，授意李侍尧做出了判决：
一是惩处腐败。以“失察”为名，将粤海关监督李永标革职查办，就是先撸官，再调查审理；参与贪污勒索的粤海关役吏“杖流科罚”，就是先扒了裤子打屁股，然后该流放的流放，该罚款的罚款，其中情节严重的，既流放又罚款。
二是免除部分陋规。“规礼名目，一概删除，合并核算。”但因为大部分陋规实际上是政府的半合法收入，故此将这部分合法化。
三是同意英国人提出的一个小小要求，就是对他们带来自己消费的食品和生活日用品免税。“番商食用所需，已征进口，所有出口税银，准予豁免。”
以上三点，算是对洪仁辉呈诉的七条，做出积极正面的回应。可是，接下来的判决，就大大出乎洪仁辉等英国人的意料了。朝廷的判决明显对洪仁辉等人不利。
让案情出现反转的原因是，乾隆皇帝琢磨出，洪仁辉的呈诉言辞畅达，格式正确，而且还可以顺利地呈递到皇帝面前。显然，这中间有精通大清官场规则的奸人在幕后指使。中国人和洋人暗中勾结，这还得了。于是，案子的调查重点就不再是粤海关贪墨等问题，而成为严查何人勾结指使洪仁辉。
经过调查，确有几个中国人和洪仁辉上访告御状有关系。福建籍华侨林怀，在海船上替洪仁辉撰写了告御状的状纸；四川商人刘亚匾替洪仁辉修改和誊写了状纸；安徽商人汪圣仪父子，与洪仁辉关系密切，有暗中指使的嫌疑。
李侍尧按照乾隆皇帝的授意，严加调查并判决如下：
一是英国商人提出多口自由通商要求，被斩钉截铁地驳回，并告以中华体制，不可变更。
二是处理“汉奸”。刘亚匾明正刑典，当众问斩；汪圣仪依照“交结外夷罪”，杖六十、徙一年。华侨林怀远在海外，乾隆帝命设法招回治罪，毋令漏网。其家属如有留在国内者，密拘审讯，务使沿海之民不敢重蹈覆辙。
三是洪仁辉以“勾结内地奸民，代为列款，希图违例别通海口”的罪名，在澳门圈禁三年，期满后驱逐出境。
洪仁辉本来觉得自己的官司稳赢不输，谁知天朝竟判处他有罪，将他圈禁在澳门。三年的圈禁生涯，令洪仁辉苦不堪言。
在中国海关担任过税务司的美国人马士（Hosea Ballou Morse），在其编撰的《东印度公司对华贸易编年史》一书中记载，洪仁辉曾致信英国东印度公司的同事道：
我被关在一幢像笼子似的四间小房子里，全部门和窗都上锁，每晚七时，敲过锣和竹筒四五声后，即行上锁。早晨六时才开启，有两个人睡在室内，防我逃走。
另外还有一封信，更道出了他悲惨：
我的脚水肿很厉害，我不得不穿一双大鞋，在脚跟的三四英寸以上有色肿纹，在伸脚时非常疼痛，希望医生给一些药物治疗……
